Zastosowanie samych tylko zmian w stylu odżywiania może nie przynieść całkowitego ustąpienia dolegliwości, dlatego leczenie farmakologiczne jest po prostu niezbędne. Obecnie do leczenia refluksu stosuje się leki zobojętniające, H2-blokery, leki prokinetyczne oraz inhibitory pompy protonowej.
Leki zobojętniające przyjmowane regularnie neutralizują kwas w przełyku i żołądku, znosząc typowe dolegliwości. Jednak u większości osób poprawa jest tylko częściowa i krótkotrwała. Natomiast długofalowe stosowanie środków zobojętniających powoduje powstawanie objawów ubocznych, takich jak: biegunka, zaburzenia w gospodarce wapniowej oraz kumulowanie w organizmie magnezu.