W przebiegu choroby refluksowej dolegliwości można podzielić na objawy ze strony układu pokarmowego, układu oddechowego, laryngologiczne oraz ze strony układu sercowo-naczyniowego.
Najważniejszych z nich to:
- ból podczas połykaniu lub trudności w połykaniu,
- odbijanie,
- cuchnący oddech,
- uczucie suchości w gardle i ustach,
- uczucie pieczenia w gardle i przełyku tzw. zgaga,
- ponadto uczucie obecności ciała obcego w gardle.
Chorzy też zgłaszają częste pochrząkiwanie, uczucie ściskania w gardle, nadmierne odksztuszanie, zachłystywanie się, chrypka i załamywanie się głosu, obłożony język, nocne ataki kaszlu. U niektórych występuje nawet odruchowy skurcz mięśni krtani. Mogą się również pojawić dolegliwości ze strony trąbek słuchowych jak i ból ucha.